MSF est un mouvement international composé de dix-huit sections, dont cinq centres opérationnels gérant des programmes dans leur pays ou à l'étranger (Belgique, Espagne, France, Hollande, Suisse). Outre une participation aux actions de ces cinq centres, les autres sections se consacrent essentiellement au recrutement, à la recherche de fonds et à l'information du public. Un Bureau International est chargé depuis Bruxelles d'assurer les échanges entre les sections et la représentation internationale de MSF. Le Conseil International, composé des présidents de chaque section, veille à la cohérence du mouvement et de ses grandes orientations.

MSF est une organisation indépendante de tous pouvoirs politiques, religieux, militaires ou économiques : cette liberté de décision et d'action s'enracine dans l'indépendance financière de l'association. En 2002, 89% de nos ressources étaient d'origine privée essentiellement issues de la générosité des donateurs. Les autres financements proviennent d'organismes de financement de l'aide, notamment l'Union européenne (ECHO), de bailleurs de fonds gouvernementaux et d'organismes internationaux tels que le Haut Commissariat des Nations unies pour les réfugiés (UNHCR) »  

MSF Médecins, chirurgiens, infirmières, administrateurs et logisticiens sont des volontaires, indemnisés ou parfois salariés, qui s'engagent à respecter les principes fondamentaux énoncés dans la charte de MSF. Chaque année, environ 2 500 membres de l'association partent en mission à travers le monde (dont 1 000 avec la section française). »  

MSF apporte son aide à des populations en danger, sans discrimination ethnique, politique, religieuse ou économique. MSF intervient en toute indépendance, après évaluation des besoins médicaux des populations. Cela suppose de pouvoir évaluer librement ces besoins, d'accéder sans restriction à la population concernée et de contrôler directement les secours, en ciblant en priorité les personnes les plus gravement et les plus immédiatement en danger. MSF ne prend évidemment pas part aux conflits armés, adhérant dans ce sens au principe de neutralité qui n'est pas synonyme de silence.